Az egy borvidékhez tartozó hegyközségek borvidéki tanácsot alakíthatnak, ez tekinthető a hegyközségek regionális színtjének. A borvidéki tanácsok részvételével pedig a hegyközségek országos szervezete jön létre. A hegyközségeknél megismert önkormányzati rendszer az országos szintig érvényesül, így a hegyközségek szintjei között nem jön létre alá-fölé rendeltségi viszony. Az egyes hegyközségi szintek között a törvény által meghatározott feladatok tekintetében van különbség.
Hegyközségi tanácsok megalakítása
A hegyközségi törvény 22. §-a alapján a hegyközségek borvidékenként hegyközségi tanácsot alakítanak. Ez alól a törvény egy kivételt enged. Amennyiben egy borvidéken csak egy hegyközség alakul meg, a hegyközségi tanácsot nem kell létrehozni. A hegyközségi tanács tagjait a hegyközségek által választott szőlész és borász küldöttek adják. A 2012-es hegyközségi törvény a hegyközségi szervezeteket úgy szabályozta újra, hogy azok képesek legyenek a szakmaközi feladatok ellátására a hegyközségektől a nemzeti tanácsig. Ezért a hegyközségek által választott küldöttek a hegyközségi tanácsban szőlészeti és borászati szekciót alakítanak. A két szekció megalakítása biztosítja a szakmaközi szervezet legalapvetőbb követelményének teljesítését (szőlészek és borászok egymástól jól elkülönített csoportja).
A hegyközségi tanács – a hegyközségekhez hasonlóan - az általa elfogadott alapszabály szerint működik. Az alapszabályt a küldöttek együttes ülésen fogadják el. Az ügyek viteléért felelős tisztségviselő az elnök. Mivel a hegyközségi tanács közvetlenül nem vesz részt közigazgatási feladatok ellátásában, ezért a hegyközségben megismert hegybírónak megfeleltethető személyt nem kötelező a tanácsnak választania. Ha mégis szeretne titkárt is foglalkoztatni a hegyközségi tanács, akkor a hegyközségi tanács javaslata alapján a Hegyközségek Nemzeti Tanácsának főtitkára titkárt nevez ki. A titkár munkáltatója a Hegyközségek Nemzeti Tanácsa. A költséghatékonyabb működés megteremtése érdekében a törvény lehetőséget ad arra, hogy titkár esetén a hegyközségi tanács elnöke feladatainak ellátásával az alapszabály felhatalmazása alapján a titkár is megbízható legyen.
A hegyközségi tanácsok feladatai
A törvény 24. §-a határozza meg a hegyközségi tanácsok feladatkörét. Ennek alapján a tanács egyik legfontosabb feladata a borvidéki termékleírások, vagy a borvidéknél kisebb termőterületet magában foglaló termékleírásokkal kapcsolatos feladatok ellátása, a borvidéknél nagyobb termőterületre kiterjedő termékleírások elkészítésében és gondozásában való részvétel. Ez lehet a már meglévő termékleírások gondozása, vagy éppen új bornév és az ahhoz tartozó termékleírás elkészítése és benyújtása. Az eredetvédelemre vonatkozó szabályok szerint ugyan nem csak a hegyközségi tanács nyújthat be termékleírást, de a gyakorlat azt mutatja, hogy az ehhez szükséges felkészültség és elegendő tudás a hegyközségi tanácsoknál van meg.
Hasonlóan fontos feladat egy borvidék egészének és egységének megőrzése és kezelése érdekében a borvidéki rendtartás, amelynek megalkotása és gondozása szintén tanácsi feladat. Lényeges az egyes borvidékek működése szempontjából, hogy a borvidék közép- és hosszú távú stratégiája kidolgozásának feladatát is lássa el a tanács.
Döntéshozatal a hegyközségi tanácsban
A szavazati elv a döntéshozatalban hasonló a hegyközségekben a tagok esetében meghatározott szavazati rendszerhez. A tanácsba megválasztott küldöttet az őt delegáló hegyközségnek a hegybíró által nyilvántartott területe alapján minden megkezdett hektár után egy szavazat illeti meg. A küldött abban az esetben nem érvényesítheti az őt megillető szavazati erejét teljes mértékben, ha szavazatával a döntéshozatalhoz szükséges többséggel rendelkezne. Ez azért szükséges, hogy a tanácsban a döntéshozatalba minden küldöttnek lehessen beleszólása, így a tanács működésére érdemi hatást gyakorolhasson. Ezt a törvény még azzal erősíti meg, hogy a döntéshozatalhoz a szavazásra jogosult küldöttek több mint felének támogató szavazata is kell.
A hegyközségi tanácsok másik lényeges feladata, hogy a szőlő-bor ágazat szakmaközi szervezeteként is működő Hegyközségek Nemzeti Tanácsába a szőlészeti és a borászati szekció a tagjai közül megválassza a szekciónként delegált egy-egy küldöttet.
A borvidéki régiós tanács
A 2004-ben kialakított új eredetvédelmi szabályok lehetőséget biztosítottak arra, hogy egy borvidéknél nagyobb és kisebb eredetvédelmi egység is létrejöhessen. A kisebb egységek egy kivétellel (Káli oltalom alatt álló eredetmegjelölés termőterülete 3 borvidék Káli-medencéhez tartozó részéből áll) mind borvidéken belül jöttek létre. Így ezen egységeket a hegyközségi tanácsok képesek voltak kezelni. Nem ez volt a helyzet a borvidéknél nagyobb területen létrehozott borvidéki régiókkal. Az új hegyközségi törvény már biztosít lehetőséget arra, hogy a borvidéki régiók számára is legyen lehetőség a hegyközségi rendszerbe való betagozódásra.
Az új hegyközségi törvény lehetőséget ad a hegyközségi tanácsok számára, hogy borrégiónként borvidéki régiós tanácsot alakíthassanak. Fontos, hogy ennek csak a lehetőségét teremti meg a törvény, kötelezővé nem teszi. Amennyiben az eddig megalakult Balatoni, Duna és Pannon borvidéki régiók fejlődése ezt megkívánja, akkor ügyeik intézésére lehetőség adódik egy hegyközségi szervezet létrehozására. A törvény a régiós tanács működésére és feladataira vonatkozóan nem tartalmaz konkrét előírást, azt a tanácsot megalakító hegyközségi tanácsok döntésére bízza.